A Pannonhalmi Főapátság a világörökség része, a magyar kereszténység bölcsője, fontos szellemi műhely. Híres iskolája ezeréves múltra tekint vissza, itt található a világ egyik legnagyobb szerzetesi könyvtára. Géza fejedelem 996-ban Tours-i Szent Márton tiszteletére alapította a monostort. Pannonhalma 1541-ben főapátsági rangot kapott, de a török háborúk idején végvárrá alakították, fél évszázadig pedig a szerzetesi élet is szünetelt. Pannonhalma jelentőségét mutatja, hogy alapításának 1000. évfordulóján II. (Szent) János Pál pápa is felkereste az apátságot.
A pannonhalmi monostort Szent Márton püspök tiszteletére alapította Géza fejedelem Pannónia Szent Hegyén (Mons Sacer Pannoniae). A latin név fordítása révén a 19. század elején kapta a nevét, amelyet Guzmics Izidor alkotott. Az apátság alapítólevele, amelyet Szent István király 1002 körül adott ki, hasonló jogokkal ruházza fel az apátságot, mint a montecassinói apátságot. István kivette Pannonhalmát a megyés püspök joghatósága alól, és a monostor jelentős bevételekre tett szert.
Az első pannonhalmi szerzetesek a csehországi Břevnovból érkeztek, Szent Adalbert prágai püspök környezetéből. Az apátság történetében fontos szerepet játszott a Gellért-legenda szerint Anastasius, aki az első apát volt. Szent László uralkodása alatt, 1093 körül készült egy inventárium, amely az első magyar könyvjegyzéknek számít, és dokumentálja a templom felszerelését és a könyveket.
A monostor 1003 körüli templomát többször is újra kellett építeni. A mai Szent Márton-bazilikát 1224-ben szentelték fel, és az apátság Uros apát vezetésével sikeresen ellenállt a tatár támadásoknak. Uros apát a középkori történet egyik legjelentősebb alakja volt, aki stabilizálta a birtokviszonyokat és fontos diplomáciai tevékenységet folytatott.
A bencések hatása a tatárjárás után csökkent, és az apátság főleg hiteleshelyi tevékenységet folytatott. A 16. század elején Tolnai Máté kezdeményezésével megújult a szerzetesi élet, és bevezették a Pannonhalmi breviáriumot, ami a Szent Benedek-i elveket követte. Tolnai reformjai azonban nem voltak tartósak, és a török háborúk idején a monostor jelentős veszteségeket szenvedett.
A 17. század közepén Pálffy Mátyás indította újra az apátság életét, miután a török háborúk alatt a szerzetesi élet szünetelt. A 18. század elején Sajghó Benedek apátsága alatt új barokk kolostorszárnyak épültek, de II. József 1786-os rendeletei miatt a szerzetesi életet megszüntették. A bencések csak 1802-ben térhettek vissza, és a királyi apátságoknak aktívan részt kellett venniük az országos oktatásban.
A 19. század elején a bencések középfokú oktatást végeztek több városban, és számos jelentős tudós, például Czuczor Gergely és Jedlik Ányos is itt élt. Az apátság 1921-ben nyitotta meg kapuit világi diákok előtt, de anyagi okok miatt 1928-ban bezártak. 1939-ben olasz gimnáziumként indult újra, és a 20. század közepén a kommunizmus alatt is működhetett.
A rendszerváltozás után Pannonhalma visszanyerte önállóságát, és 1996-ban ünnepelte alapításának ezredik évfordulóját. Ekkor II. (Szent) János Pál pápa is ellátogatott az apátságba, amelyet az UNESCO a világ kulturális örökség részévé nyilvánított.